मथुरा जंक्शन पर कुल 10 प्लेटफॉर्म हैं। इस रेलवे स्टेशन से 7 रूट लाइनें हैं। प्लेटफॉर्म संख्या 10 वृन्दावन मीटर गेज ट्रेनों के लिए है। यहां पर हर दिन सबसे ज्यादा ट्रेन टिकट की बुकिंग होती है।